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1958年,云南省首个高校化工类人才培养基地--昆明工学院化工系诞生。

1974年,昆明工学院化工系(部分教师)与云南省第三工业学校合并组建云南工学院化工轻工工程系。

1994年,云南化工专科学校并入云南工学院化工轻工工程系,成立云南工业大学化工轻工工程学院。

1999年,原云南工业大学与原昆明理工大学合并后,成立昆明理工大学生物与化学工程学院。

2006年,因生物工程和制药工程专业独立建院的需要,生物与化学工程学院更名为化学工程学院。